최근 고추 재배 시 폭염이나 가뭄, 저온 등 이상 기상으로 고추 생리장해와 병해(탄저병, 칼라병, 풋마름병 등) 발생률이 증가하고 있다.
특히 총채벌레에 의한 칼라병(TSWV, 토마토반점위조바이러스), 진딧물에서 전염되는 바이러스가 병이 해마다 확산되어 병해 및 재해에 강한 품종 선택이 더욱 중요해지고 있다.
고추 품종을 선택할 때는 동일 품종이더라도 토양, 기후 등 환경에 따라 생육 상태, 내병성, 수량 등이 매우 다르게 나타나므로 지역에 적합한 품종을 선택하여야 한다.
그리고 안정된 소득을 위해서는 한 가지 품종을 재배하는 것보다는 두 품종 정도, 즉 품질계 품종과 내병계 품종, 조생종과 중만생종, 한발에 강한 것과 습해에 강한 것 또는 두 개의 종묘회사 품종을 재배하는 것이 바람직하다.
신품종을 재배할 경우, 신품종에 대한 재배 작형, 내병성, 시비 관리 등에 대하여 품종 특성을 잘 파악해야 한다. 또한, 전 재배지를 신품종으로 대체하는 것보다 기존 재배 품종을 유지하면서 단계적으로 신품종의 재배면적을 늘려가는 것이 좋다.