후지 품종의 경우 수확 후 150일 이상 저장하면 품질 하락이 시작되므로 출하시기와 온도, 습도 관리에 주의를 기울여야 한다. 특히 금년은 착색 지연으로 수확이 평년에 비해 1주일 이상 늦어 저장력이 떨어지므로 가급적 저장 1∼2개월 이내에 출하할 것을 권장한다.
저장 시에는 무엇보다도 냉각기 관리에 신경 써야 한다. 사과는 1℃에서 5일째 동결되므로 1℃ 이상으로 설정해야 하고, 특히 -2∼-4℃에 3일 이상의 시간이 경과하면 동결 후 회복할 때 조직의 파괴가 일어나므로 무엇보다도 저장고의 냉각기 관리와 온도 설정에 주의를 기울여야 한다.
또한, 저장 중 습도 관리에도 세심한 주의가 필요하다. 사과의 저장 중 적정 상대습도는 90~95%이므로 가습기를 이용한 습도 유지가 필수이다. 가습기를 이용한 습도 유지가 불가능한 저장고는 1주일에 1~2회 바닥에 물을 뿌려주어 습도 유지를 해야한다.
저장 중 내부갈변 현상이 종종 발생하는데 이는 과일의 호흡으로 에틸렌 가스와 이산화탄소 발생이 원인이다. 이를 방지하기 위해서는 저장 초기에는 1주일에 1회 이상, 그 이후에는 적어도 2주에 1회 이상 환기를 충분히 하여 유해가스 축적을 막아야 한다.